許多人都熟悉使用凝膠電泳分離大分子（如DNA）的方法。但是，凝膠電泳也可以用于分離蛋白質(zhì)。

不同的蛋白質(zhì)具有不同的大小，主要是由于氨基酸蛋白質(zhì)上的其結(jié)構(gòu)中構(gòu)件的數(shù)量。附著的化學(xué)修飾也會影響其大小。不同的蛋白質(zhì)也具有不同的電荷。這可能是由于用于構(gòu)建它們的氨基酸類型以及與它們連接的修飾類型所致。

不同類型的電泳凝膠用于提供不同類型的信息。因此，您選擇的凝膠類型取決于您要提問的類型。

大小分離

蛋白質(zhì)電泳

SDS-PAGE凝膠電泳從不同種類鯊魚的血液中分離蛋白質(zhì)

通常，由聚丙烯酰胺制成的凝膠根據(jù)其不同大小用于分離蛋白質(zhì)。通常，首先要對蛋白質(zhì)進行加熱處理，然后再加入一種稱為SDS的化學(xué)物質(zhì)為了以解開蛋白質(zhì)。SDS是一種去污劑，可使所有蛋白質(zhì)具有相同的整體負電荷，因此，當(dāng)電流施加到凝膠上時，分離僅是由于蛋白質(zhì)的大小。該技術(shù)稱為SDS-PAGE（SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳）。

小蛋白分子在凝膠中的移動比大蛋白更快，從而形成一系列“條帶”。每個條帶包含特定大小的蛋白質(zhì)。這些可以與已知大小的標(biāo)準(zhǔn)進行比較。

SDS-PAGE凝膠已用于根據(jù)大小分離蛋白質(zhì)。樣本是各種鯊魚的血液種。第一泳道包含已知大小的標(biāo)記。大蛋白在凝膠的頂部，小蛋白在底部。

該技術(shù)可能用于許多目的，包括純化特定的蛋白質(zhì)，例如分離酶食品工業(yè)中的蛋白質(zhì)。

電荷和pH分離

等電聚焦（IEF）和瓊脂糖凝膠電泳是蛋白質(zhì)可通過其不同電荷分離的兩種方法。與SDS-PAGE不同，蛋白質(zhì)通常保持其天然（折疊）狀態(tài)。所用凝膠的類型以及凝膠周圍的溶液也不同。

在瓊脂糖凝膠電泳中，蛋白質(zhì)裝載在孔的中間。帶有強負電荷的蛋白以最快的速度向凝膠的正側(cè)移動，而帶正電荷的蛋白則以相反的方向移動。

這種技術(shù)可以用于具有相同分子量的蛋白質(zhì)分開重量但不同電荷，或當(dāng)大小并不重要（例如對疾病的發(fā)展過程中在不同的蛋白質(zhì)的存在的變化看）。