蛋白質(zhì)印跡是生化實(shí)驗(yàn)室中最常見(jiàn)的程序之一。基本上，它從大小上將蛋白質(zhì)與樣品分開，然后使用抗體進(jìn)行測(cè)試以確定是否存在給定的蛋白質(zhì)。它不僅在研究中有用，而且在醫(yī)學(xué)或診斷實(shí)驗(yàn)室中也有用。例如，針對(duì)HIV和萊姆病的檢測(cè)均包括酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定（ELISA）檢測(cè)，如果ELISA檢測(cè)呈陽(yáng)性，則進(jìn)行蛋白質(zhì)印跡分析。然而，盡管它很流行，但是蛋白質(zhì)印跡具有一些缺點(diǎn)。

古典蛋白質(zhì)印跡是非定量的。換句話說(shuō)，盡管他們可以告訴研究人員是否存在某種特定的蛋白質(zhì)，但他們無(wú)法量化存在多少蛋白質(zhì)。一些生物技術(shù)公司現(xiàn)在出售試劑盒，使研究人員或?qū)嶒?yàn)室技術(shù)人員能夠使用標(biāo)準(zhǔn)曲線定量蛋白質(zhì)的含量-但這僅在有相同蛋白質(zhì)的純樣品可用時(shí)才有效。此外，蛋白質(zhì)的分子量只能通過(guò)蛋白質(zhì)印跡法估算，而不能像質(zhì)譜法那樣精確確定。

僅當(dāng)可獲得針對(duì)目的蛋白的一抗時(shí)，才能進(jìn)行蛋白質(zhì)印跡。生物技術(shù)公司可以提供許多不同蛋白質(zhì)的抗體，但它們并不便宜；如果無(wú)法使用給定蛋白質(zhì)的一抗，則無(wú)法進(jìn)行蛋白質(zhì)印跡以尋找特定蛋白質(zhì)。此外，研究人員可能想確定某種蛋白質(zhì)是否已被修飾（例如，是否已被磷酸化（例如，其上有一個(gè)磷酸基團(tuán)連接）），并且通過(guò)蛋白質(zhì)印跡技術(shù)，他們需要對(duì)該修飾蛋白具有特異性的抗體蛋白。

正確進(jìn)行蛋白質(zhì)印跡并獲得良好的結(jié)果可能具有挑戰(zhàn)性，因此必須對(duì)員工進(jìn)行良好的培訓(xùn)。在這方面，經(jīng)驗(yàn)也許是最好的導(dǎo)師。即使對(duì)于有經(jīng)驗(yàn)的技術(shù)人員，蛋白質(zhì)印跡也是費(fèi)時(shí)的。例如，實(shí)驗(yàn)的凝膠電泳儀部分通常需要一到兩個(gè)小時(shí)才能運(yùn)行。當(dāng)然，在凝膠運(yùn)行時(shí)還可以執(zhí)行其他任務(wù)，但是實(shí)驗(yàn)仍然需要相當(dāng)長(zhǎng)的時(shí)間才能獲得結(jié)果。

抗體有時(shí)可能會(huì)表現(xiàn)出脫靶結(jié)合，這可能導(dǎo)致較差的結(jié)果。此外，通過(guò)蛋白質(zhì)印跡，您將使用針對(duì)特定蛋白質(zhì)的抗體，因此您的結(jié)果只會(huì)告訴您該蛋白質(zhì)是否存在。相比之下，高分辨率質(zhì)譜分析揭示了樣品中存在的所有蛋白質(zhì)，與經(jīng)典的蛋白質(zhì)印跡不同，它是定量的。當(dāng)然，重要的是要記住，與蛋白質(zhì)印跡法相比，質(zhì)譜法昂貴得多，并且使用起來(lái)在技術(shù)上也更具挑戰(zhàn)性。